موزهٔ هنرهای معاصر تهران به‌عنوان یکی از نهادهای فرهنگی و هنری کشور، زیر نظر وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی فعالیت می‌کند و بر پایه ساختاری سازمان‌یافته و تخصصی اداره می‌شود. این ساختار با هدف مدیریت مؤثر مجموعه، ارتقاء کیفیت خدمات فرهنگی و هنری، و تحقق مأموریت‌های آموزشی و پژوهشی موزه طراحی شده است.

بخش‌های اصلی موزه شامل مدیریت مجموعه، امور نمایشگاهی، پژوهش و مستندسازی، آموزش، روابط عمومی و بین‌الملل، و حفاظت و نگهداری آثار است. هر یک از این بخش‌ها، با رویکردی تخصصی، وظیفه پشتیبانی و پیشبرد اهداف کلان موزه را بر عهده دارند.

این ساختار سازمانی، با تکیه بر تخصص، هماهنگی و تعامل میان بخش‌ها، زمینه‌ساز تحقق اهداف فرهنگی و هنری موزه و حفظ